上述事例意义上的革新思想，也以某种形式包含在随着幕府接近末期而逐渐盛行的尊王论和攘夷论中。这些思想中，无疑完全不包含从根本上变革封建社会的意图。甚至尊崇天皇与忠诚幕府都毫不对立地相互并存，水户学的尊王论最清楚地反映了这一点。但是，开始强调迄今为止被彻底无视的皇室的存在理由，这对幕府来说并不是一件值得高兴的事。
1759年（宝历九年），面向京都的贵族宣讲尊王论的竹内式部受到幕府的追究并流放，1767年（明和四年）常常为皇室的衰落哀叹的山县大弍，被以在军事学的课堂上谈论江户城、甲府城的进攻战术为由处以死刑，这些事件或许都有点小题大做，但是，随着幕府的政局变得越来越不稳定，尊王论开始作为倒幕运动的政治战术而发挥作用。甚至包括本居宣长在内，国学家们也采取了顺应现状的保守态度，即便在宣长门下，既有伴信友等仅继承宣长的实证性学术研究的人，也出现了如平田笃胤那样的人，他们进一步发展国学复古神道，阐述激烈的实践性论点，在动荡的幕府末期的社会中，广泛给予地方乡士以及豪农阶层以巨大影响。
1853年（嘉永六年）以佩里来日为契机，在“黑船“所象征的欧美列强的近代军事力量压迫下，日本实施了门户开放政策，同时，在难以抵抗的资本主义生产的推动下开始了与欧美的贸易。在上述冲击下诞生的攘夷论，也具有朴素意义上民族主义的倾向。
历史上日本与外国的交往，暂且不提已被遗忘的久远的古代，除了蒙古袭来和丰臣秀吉出兵朝鲜等例外，基本上都停留在文化的交往，几乎没有积累国际政治的经验。因此，接受外来文化时的宽容态度自然成了常态，除了禁止天主教，可以说从未出现过排斥外国思想的情况。
但是，由黑船恐慌和贸易带来的物价飞涨所激起的憎恶感，前所未有地点燃了排斥外国的思想，与此同时，相对外国而言的“日本“这一国家观念第一次在日本人的心中生根发芽。然而，封建社会的日本，国内分割成与无数独立国家毫无二致的藩，而且人们在等级制度中被严格区分开来，民族和国家都还没有形成统一的实体。攘夷论者在朝这一方向靠拢时，他们必然会模模糊糊地考虑到通过扬弃封建式分裂来达成民族国家统一的目标。尊王论者与这一目标结合时，则形成以天皇为君主的民族统一这一极权主义的国家意识，1858年（安政五年）在安政大狱中被处死的吉田松阴等幕末尊王攘夷论者，他们的思想历经曲折开始逐渐摸索这一目标。
尊王攘夷论作为变革的能量发挥出巨大作用，更加重了它的历史意义。但不能忽视的是，其思想内容未必找到了历史进步的正确方向。在主要受到等级制度重压而心怀不满的下级武士支持下开展的尊王攘夷运动，很难指望它展现出未经扭曲的近代社会蓝图。